合同规定工作不满三个月要扣一千元，这合法吗

不合法。依据《劳动法》，用人单位不得非法克扣劳动者工资，此行为违法。若不及时处理，可能导致劳动者权益受损，引发劳动争议。
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可申请劳动仲裁或向劳动监察部门投诉。选择方式需根据具体情况，如证据充足可直接仲裁，否则可先投诉以获取官方介入。
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不合法。处理方式：1.收集证据，如合同、工资条等；2.若证据充分，直接申请劳动仲裁；3.证据不足时，先向劳动监察部门投诉，请求调查；4.必要时，寻求律师帮助，提起诉讼。